孟德尔遗传学的兴起，达尔文主义一度受挫

魏斯曼在倡导新达尔文主义的同时，也为遗传学的发展铺平了道路。不过在包括魏斯曼在内的众多的科学家探求生物遗传的规律的时候，早已有一个人发现了这种规律。但是，颇具讽刺性的是，他的发现竟然被埋没了 30多年，以至当时几乎无人知晓。做出这个伟大发现的人就是名字现在常与遗传学连在一起的孟德尔。孟德尔当时是奥地利布隆地区一间修道院的修道士。他在中、小学受过良好的教育，对科学十分感兴趣。进入修道院后，他还到维也纳大学学习过两年，曾从师于他那个时代的杰出物理学家和生物学家。在这两年的时间里所受到的教育对他启发很大，他接受了进化的观点，并相信研究变异是解决物种起源问题的关键。这促使他在结束学业回到布隆的修道院后便开始研究遗传学。实际上孟德尔是在与世隔绝的情况下进行他的遗传学实验的。幸运的是，修道士的工作比较清闲，使他可有较多的时间从事研究，另外，修道院中也有地方使他可以进行有关的实验。他研究过豌豆象鼻虫，种植了 34个品种的豌豆，饲养了50箱蜂，甚至还养过老鼠。他曾试图用来自美国、埃及、欧洲的蜂群进行杂交试验，不过他的伟大发现是通过对豌豆的杂交研究得出的。
     他从 34 个品种的豌豆中挑选出 22 个性状比较稳定的品种进行杂交试验，并分析这些品种中便于研究的7个性状在所有杂交后代中的情况。这些性状包括种子的形状及颜色、豆荚的外形及颜色、花着生的部位、植株的高矮、子叶的颜色等。虽然当时的植物学家已普遍地进行植物杂交试验，但是却没有一个植物学家曾想到要对所有的杂交后代进行数学统计，而孟德尔这样做了。他对杂交所得的全部后代进行计数，并对后代的性状进行归类，计算不同类别的个体在数量上的比例。在这一点上，孟德尔的工作在当时是独一无二的。他的豌豆杂交试验历时7年，他逐个地分析了数以万计的种子和植株。根据这些实验结果和理论推测，他发现了经典遗传学上的两个重要定律，即所谓遗传因子的“分离定律”和“自由组合定律”（图 6）。他把这些结果写成论文寄给布隆自然历史学会，该论文于1866年发表在这个学会的杂志上。孟德尔的杰出贡献在于他证实了颗粒式的遗传，即控制一种生物性状不同表现的因子在杂交后代里保持分立而不融合，在杂交后代形成生殖细胞时这些因子便再度分离。这个发现被广为接受后，遗传学得到了近乎爆炸性的发展。可惜，从作出发现到被广为接受足足等了30多年，原因是孟德尔的工作被当时的科学界完全忽视了，这不能不说是近代科学史上的一大憾事。直到1900年，孟德尔的工作及其遗传学说才被三位植物学家——荷兰的德弗里斯、德国的柯伦斯和奥地利的丘歇马克各自通过研究植物杂交而“重新发现”。
     此后，大量的植物以及动物杂交试验都表明，孟德尔发现的遗传规律同样适用，因此他所发现的定律就被称为“孟德尔定律”、“孟德尔遗传学”。孟德尔遗传学在1900年以后进入了突飞猛进的时期，使人们的注意力从19世纪后期的进化论转移到20 世纪初期的遗传学。由于当时人们对遗传物质的本质并不清楚，对遗传变异与进化的关系的探索仍然处于初始的阶段，再加上孟德尔的理论与达尔文的学说似乎有不少矛盾，因此，孟德尔遗传学的发展导致了达尔文主义进化论的一度衰落。孟德尔所研究的生物性状是具有不连续变异的，即某一性状的不同表现形式之间存在着显著的差别，孟德尔定律的重新发现也是通过研究具有这种性质的性状的遗传规律而作出的。对这类性状变异的研究得出了如此清晰、简明而且是可重复的遗传规律。另一方面，物种之间正是不连续的。那么，通过变异来形成新物种不也理应是由不连续的变异造成的？从而，进化理应是基于不连续变异的。这样，就使人们一度只重视不连续变异，而认为连续变异是无足轻重的。而达尔文却是相信微小的、连续的变异是进化的基础，他的自然选择学说也是建立在连续变异的基础上的。虽然达尔文强调种群思想，在实际中也可以观察到一些生物性状的连续变化，但是他的进化理论以及初期的达尔文主义都没有坚实的遗传学基础。达尔文的泛生子学说被魏斯曼的种质连续学说所否定。此外，达尔文相信的是融合性遗传，即父母的遗传因素在后代中是混合起来，不再分开的。当时人们认为融合性遗传可以解释连续的变异，但这只是基于一些表面上的观察。孟德尔提出的颗粒式遗传以及孟德尔遗传学的发展又使融合性遗传被否定。这样，达尔文的进化论以及初期的达尔文主义就完全丧失了其遗传学基础。而且，当时达尔文主义提出的通过自然选择的渐进化缺乏一种令人信服的机制。在孟德尔遗传学蓬勃发展的形势下，由不连续突变引起进化的突变论思想占了上风，而通过自然选择的渐进化思想却落到几乎被遗弃的境况。很多遗传学家，包括对遗传学作出重大贡献的摩尔根，当时都是热衷于进化的突变理论的。