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分子生物学的兴起与达尔文主义的困境

  • 日期:2009-11-01 11:03
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分子生物学是从分子的角度与层次去探讨生命现象的科学。1953年,沃森与克里克共同提出了作为遗传物质的DNA分子的结构模型。这个模型就是著名的“DNA 双螺旋结构模型”。它能解释当时已发现的遗传物质的各种性质以及能很好地说明遗传的分子机制,它使经典遗传学的基因概念发生了深刻的变化。经典遗传学中的基因是抽象的、不可分的遗传单位,而DNA被确定为遗传物质及其双螺旋结构被发现后,基因便是一个实实在在的化学分子,基因被定义为DNA分子上的一个带有遗传功能的片段。按照这样的概念,不仅能够解释经典遗传学所能解释的一切,而且还能解释经典遗传学难以解释的问题。如对于基因的代代相传,就可以用DNA分子的自我复制来说明;对于突变,则可以解释为DNA分子上的变化。
     因此,这一发现大大地深化了人们对基因的认识,也大大地促进了分子生物学的发展,从而被誉为20世纪生物学上最伟大的发现之一。分子生物学正是在DNA的双螺旋结构被发现后兴起的,此后在这个领域的一系列重要发现,包括“中心法则”的确立、遗传密码的破译、对基因精细结构和对基因表达的调控的认识,使得分子生物学现在已成为生物学中的一个举足轻重的分支学科。达尔文主义的进化论在分子生物学兴起之前就已经进入了鼎盛时期,并以博物学和经典遗传学作为其主要的基础。新兴的分子生物学在开始时对于生物进化的研究来说是陌生的,但很快便对其产生了直接和重要的影响,从而生物进化的理论必须能包融分子生物学的发现。达尔文主义也正是在这方面进行着努力。要在一个已有的理论框架中包融一个新的领域是十分困难的事情,即使如此,达尔文主义的进化论确是能说明分子生物学中不少与进化有关的问题。不过,犹如进入了一个陌生的世界,达尔文主义也面临着不少困境。分子生物学对进化理论的重大贡献之一就是发现所有生物的遗传密码都是一样的。这一发现对于认为所有的生命都可以追溯到一个单一起源的观点无疑是最有力的支持,从而为达尔文主义进化论中的共同祖先学说提供了又一个重要的证据。此外,通过研究DNA分子(或蛋白质分子)在不同生物中的差异情况,发现亲缘关系越相近的生物,其相应的DNA分子(或蛋白质分子)的差异就越小,反之,就越大。从而,这种差异就可以显示出生物之间的亲缘关系以及进化关系。
     这样,就可以在生物大分子的层次上直接研究生物进化,这就是蓬勃发展的分子生物学与进化生物学的交叉学科——分子进化研究的领域。分子进化不仅能再次显示进化本身的存在,而且也能在一定程度上反映出进化的过程与途径。分子生物学技术的发展大大地促进了分子进化的研究。首先是发展出在凝胶上分离分子量大小不同或带有不同电荷的蛋白质的所谓电泳技术以及相应的染色检测技术,这样便能很方便地研究生物的蛋白质种类。此后又利用类似的技术,对核酸(DNA和RNA)的各种分子或片段进行分离与检测。再进一步,还发展出测序技术,可以测定组成蛋白质大分子的基本单位氨基酸分子在任何一种蛋白质中的排列顺序,以及测定组成核酸大分子的基本单位核苷酸分子在任何一种核酸中的排列顺序。另外,可以检测不同核酸分子之间在序列上的相似程度的所谓“分子杂交”技术也被广泛地应用。这些技术上的进展导致了分子进化方面的很多重要的发现,其中一些发现是对达尔文主义进化论有利的,但很多发现却使达尔文主义的进化论面临着严峻的考验。自然选择对生物大分子同样会起作用,这一点从动物血液中的血红蛋白的变异情况就可以清楚地看出。血红蛋白由500多个氨基酸组成,并形成十分精巧复杂的立体结构。血红蛋白的氨基酸排列顺序是不能随意变化的,若其中一个发生变化(如被另一种氨基酸替换,或被删除),都有可能产生十分有害的后果。人类的镰刀形细胞贫血症①就是由于血红蛋白分子上的一个氨基酸被替换。此外,已发现人类中有200多种血红蛋白的突变,其中不少是这种或那种血液病的原因。虽然血红蛋白有如此多种的突变,但却没有一种能在人类的祖先中成功地传播开来,从而现在人类的绝大多数始终保持有正常的血红蛋白。即使在其他动物,它们的血红蛋白与人类的相差也很小。黑猩猩有比人类更高的血红蛋白突变速率,但其血红蛋白与人类的几乎相同。
     因此,确是有一种作用在清除带有有害突变的血红蛋白,这种作用就是自然选择。但是,当生物大分子的变异不会造成有害的后果时,自然选择似乎就不起作用。而分子生物学的研究发现,实际上在自然的生物种群中,这类变异是普遍存在的。通过对蛋白质的电泳分析,发现很多这样的情况,就是某一种在新陈代谢中起重要催化作用的称为“酶”的蛋白质可有数种不同的、能用电泳分离的形式。同一种酶的几种形式具有相同的功能,因此通常把它们称为“同工酶”。同工酶之间的差异是由于蛋白质分子在氨基酸的排列顺序上发生了一些变化,但这些变化并不影响相应的酶的功能。而根据“中心法则”,蛋白质分子的序列是由DNA的序列编码的,因此,作为遗传物质的DNA也肯定发生了序列上的变化。事实上正是如此,DNA 链上的核苷酸序列发生了一些可使蛋白质中的氨基酸序列改变的变化。而且在很多情况下,即使蛋白质的序列没有发生变化,编码这一序列的DNA也会发生变化,这是因为并不是所有DNA 链上发生的变化都会导致其编码的蛋白质发生变化。编码蛋白质的 DNA链上的每三个核苷酸可以决定一个氨基酸,这就是“三联遗传密码”。常见的氨基酸有20种,而编码同一种氨基酸的遗传密码往往有一种以上,甚至可多达6种,这些编码同一种氨基酸的遗传密码一般是三联体中的第三个核苷酸不同。这样,如果遗传密码中的第三个核苷酸发生了突变,被另外的核苷酸替代,结果通常并不影响其编码的氨基酸种类。这种不会导致所编码的氨基酸改变的突变又称为“同义置换”。同工酶与同义置换的存在使蛋白质和DNA都可有不少不影响本身功能的所谓“多态性”。
     此外,分子生物学的研究还发现很多其他类型的DNA多态性,这些多态性一般都是对生物无害的,但又不是有利的。从而,自然选择对这些生物大分子变异就不能起到保留有利、淘汰有害的筛选作用。对基因和基因组(一种生物中所有遗传物质的组合)结构的研究还发现,这两者的结构中都存在着一些令人费解的组成成分。如很多基因中都有一些非编码的间隔序列,在基因从DNA转录到RNA后,这些间隔序列是要被切除掉的,余下的转录部分“拼接”起来才是真正执行功能的成熟的RNA(图8)。这些又称为“内含子”的间隔序列的作用一直不清楚,但可以肯定它们大部分并不是必不可少的。因此,对这种奇特的断裂式基因结构的起源以及内含子的功能存在着很多争议。如果内含子没有什么特别的功能,那它们为什么能够存在?除了基因中有这种“累赘”的结构外,基因组中也存在着另一种类型的“累赘”结构。很多生物的基因组中都或多或少地存在着一些反复出现的所谓“重复序列”。绝大部分重复序列都不编码蛋白质,也不转录成RNA,而且通常没有什么明显的功能,因此它们的存在也是分子进化研究中的一个谜。有一种相当流行的解释,就是认为内含子和重复序列都是一些分子寄生物,是“自私的” DNA,生物无法阻止它们在基因和基因组中复制及积累。这种解释是有一定的依据的。这就产生了一个问题:如果它们真的是自私的DNA,自然选择难道不能抑制和淘汰这些分子寄生物,而要生物付出如此高的代价去“养育”它们?这不免使达尔文主义陷入了困境。
基因转录后,RNA前体通过“剪接”而成为成熟的RNA
当然,在内含子和重复序列的起源与功能完全弄清楚之前,还不能过早地下结论。但非达尔文主义根据分子生物学及其他方面的新发现,就生物进化的问题提出了一些与达尔文主义不同的观点和学说,从而再度引发达尔文主义与非达尔文主义之间的争论。

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